Юридические лица создаются в разных организационно-правовых формах (см. гл. 4 ГК РФ) и алгоритм действий, а также документальное оформление их создания могут сильно разниться; при этом ст. 12 129-ФЗ распространяет свое действие на все без исключения формы ЮЛ.
Поэтому обращаемся к 14-ФЗ "Об ООО" и ищем более детальную информацию там.
Цитата: 1. Учреждение общества осуществляется по решению его учредителей или учредителя.Решение об учрежденииобществапринимается собранием учредителейобщества. В случае учреждения общества одним лицом решение о его учреждении принимается этим лицом единолично.2.В решенииоб учреждении обществадолжны быть отражены результаты голосования учредителей общества и принятые ими решенияпо вопросам об учреждении общества,об определении фирменного наименованияобщества,места нахожденияобщества,размера уставного капиталаобщества, обутверждении уставаобщества либо о том, что общество действует на основании типового устава, утвержденного уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти,об избрании или о назначении органов управленияобщества, а такжеоб образовании ревизионной комиссии или избрании ревизораобщества, если такие органы предусмотрены уставом общества либо являются обязательными в соответствии с настоящим Федеральным законом.3.Решенияоб учреждении общества, утверждении его устава либо о том, что общество действует на основании типового устава, утвержденного уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти, утверждении денежной оценки ценных бумаг, других вещей или имущественных прав либо иных имеющих денежную оценку прав, вносимых учредителями общества для оплаты долей в уставном капитале общества,принимаютсяучредителями обществаединогласно.
Вообще-то учредительный договор - это лишь соглашение о намерениях. Но если вдруг мы с Вами подразумеваем под одним и тем же названием совершенно разные документы, перепроверьте себя:
Если ваш учредительный договор исчерпывающим образом содержит всю информацию, выделенную мною в цитате, можете попытаться оспорить отказ ИФНС.
Если же чего-то совершенно очевидно недостает, - возражать бесполезно. Тогда не тратьте напрасно время, извлеките урок на будущее, заплатите госпошлину и подайте документы повторно.